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La digestion anaérobie est un procédé permettant de transformer les déchets organiques en énergie utile, telle que le biogaz. Ce procédé fait intervenir des organismes vivants dont le comportement spécifique est fortement non linéaire. Par ailleurs, il est connu pour être sensible aux perturbations et naturellement instable. Ainsi, le développement de méthodologies efficaces pour sa commande et sa supervision est essentiel afin d'obtenir des résultats satisfaisants. Par conséquent, l'objet de cette thèse porte sur la modélisation de ce système complexe, la synthèse d'observateurs et de lois de commande afin d'améliorer le fonctionnement du procédé dans les stations de biogaz.