CRAN - Campus Sciences
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Sujet de stage : Trans-PANDAS : Intérêt de l'analyse par séquençage haut débit (NGS) de l'ADN tumoral circulant et des micro- ARNs dans les cancers du pancréas ( Etude ancillaire au protocole de recherche PANDAS - PRODIGE 44)
Dates : 2016/12/13 - 2017/06/30
Etudiant : Carole PFLUMIO
Directeur(s) CRAN : Jean-Louis MERLIN , Alexandre HARLE
Autre(s) Directeur(s) : Pr Thierry Conroy (t.conroy@nancy.unicancer.fr)
Description : L'incidence des cancers du pancréas est en forte augmentation en France depuis 1980 avec 11 662 nouveaux
cas estimés en 2012 pour moins de 5 000 cas en 1980. Pour les tumeurs borderline, les données de la
littérature sur les résultats obtenus après traitement néoadjuvant sont d'interprétation difficile compte tenu de
l'hétérogénéité des définitions du cancer du pancréas à la limite de la résécabilité. Par ailleurs, le critère de
succès du traitement préopératoire le plus souvent retenu est la radicalité de la chirurgie (chirurgie R0), mais
ceci dépend de la qualité de l'étude des marges chirurgicales, la méthodologie de l'étude de celle-ci étant
rarement précisée. En matière de chimiothérapie, le protocole Folfirinox, le protocole le plus efficace en
maladie métastatique (Conroy T et al., NEJM, 2011), est aujourd'hui le plus testé en situation néoadjuvante.

L'association mFolfirinox utilisée en chimiothérapie première donne lieu à un taux de réponse élevé et à de
bons résultats en terme de survie sans progression et de médiane de survie. D'autre part, le protocole
mFolfirinox suivi d'une radiochimiothérapie devrait permettre d'augmenter le contrôle local et le taux de
résection R0.
L'objectif de l'étude clinique PANDAS (PRODIGE 44, N° EudraCT 2014-005681-29), proposée par le Pr T Conroy,
est donc d'évaluer l'apport d'une radiochimiothérapie concomittante à une chimiothérapie néoadjuvante par
mFolfirinox avant chirurgie d'un adénocarcinome du pancréas à la limite de la résécabilité.

L’unité du CRAN UMR 7039 propose de compléter cet essai par l'étude de l'intérêt de l'analyse de l'ADN
tumoral circulant (ctDNA) et des micro-ARNs (miRs) dans les cancers du pancréas. Cette étude est une étude
translationnelle et ancillaire à l'essai clinique PANDAS.

Principaux objectifs :
- Déterminer l'intérêt du suivi du ctDNA et des miRs dans la prédiction de l'évolution clinique des patients (taux
de réponse, survie sans progression et survie globale)
- Déterminer s'il existe un lien entre évolution des marqueurs sériques traditionnels (CA 19-9) et l'évolution du
ctDNA et des miRs retrouvés au niveau plasmatique
- Déterminer l'intérêt du ctDNA et des miRs plasmatiques comme marqueurs de maladie résiduelle après
chimiothérapie néoadjuvante et chirurgie.

Méthodologie :
Les tubes de sang destinés à l'étude seront prélevés aux dates définies dans le protocole. Le plasma sera isolé
et conservé à -80°C acheminé dans de la carboglace à l'Institut de Cancérologie de Lorraine (Pr JL Merlin). La
recherche de mutations par NGS au CGFL, à partir d'un panel de 33 gènes permettra d'établir au temps 0 les
mutations pouvant être retrouvées dans le sang chez les patients inclus dans l'étude. L'analyse du dernier tube
de sang permettra une comparaison entre profil avant et après traitement ou au moment de la rechute.
Cette comparaison permettra de suivre l'émergence d'un nouveau clone tumoral qui pourrait expliquer une
rechute. Les 10 mutations les plus caractéristiques de la tumeur (estimées par l'étude du rapport allèle muté
sur allèle sain et exprimé en pourcentage) seront ensuite étudiées dans l'étude complémentaire par NGS à l'ICL
de façon à établir leur évolution au cours du traitement et de déterminer s'il existe un lien avec l'état clinique
du patient.
La même approche sera utilisée pour l'étude des miRs : le premier et le dernier prélèvement seront analysés à
l'aide d'une puce d'expression et les 10 miRs les plus représentatifs seront étudiés dans l'étude de suivi par
PCR Taqman à l'ICL afin de déterminer le lien entre leur expression et l'évolution clinique du patient.
Le séquençage de l'exome des tumeurs du pancréas sera effectué uniquement dans le bras de patients n'ayant
pas reçu de radiothérapie. En effet, il est prévisible que les patients ayant reçu de la radiothérapie aient des
tissus trop dégradés et ne permettent pas l'analyse de l'ADN. L'analyse de l'exome tumoral, en plus de
produire des connaissances sur les tumeurs du pancréas, nous permettra d'établir s'il existe une différence
entre les mutations retrouvées au niveau sanguin et celles retrouvées sur la pièce opératoire.

Les prélèvements seront ceux des patients de l’étude PANDAS (Investigateur principal Pr. T Conroy) qui, comme
écrit précédemment, étudie la chimiothérapie néoadjuvante de type FOLFIRINOX +/- Radiothérapie chez des
patients atteints d’un carcinome pancréatique dit « borderline », le but étant de les rendre opérables.
L’étude ancillaire à l’étude PANDAS sur laquelle je souhaiterais travailler concerne 90 patients. Chaque patient
sera prélevé à des moments clé du traitement (maximum 8 prélèvements avec à chaque fois un tube ctDNA et
un tube ctRNA). Les inclusions seront toujours en cours en 2017 et nous continuerons à recevoir des
prélèvements.
Sur la dynamique de prélèvement, nous aurons 8*90 = 720 prélèvements à recevoir pour le ctDNA, sur une
période de 2 ans, donc 360 entre avril 2016 et avril 2017.

Résultats attendus et perspectives :
Les résultats pourront valider l'usage du ctDNA comme alternative à la cytoponction ou à la microbiopsie.
D'autre part, l'étude du ctDNA, comme des miRs, pourra apporter des informations pronostiques ou prédire
une éventuelle rechute. Ces données moléculaires pourront également servir de base à la proposition de
nouvelles stratégies thérapeutiques (ex. anti CDK 4/6 dans les cancers porteurs de mutations CDKN2A, seul ou
en association avec inhibiteurs de PIK3/AKT/mTOR ou anti-SOS1 dans les cancers porteurs de mutations RAS).
Enfin, l'étude de l'exome des tumeurs n'ayant pas subi de radiothérapie produira de nouvelles connaissances
sur ce type de tumeur du pancréas.
Mots clés :
Département(s) :
Santé - Biologie - Signal
Financement : Année recherche interne en mdédecine